Comentario
Al margen del aspecto eclesiástico, la administración colonial se ejercía en cuatro esferas: gubernativa, judicial, financiera y militar, cada una de las cuales generó su propia burocracia independiente, aunque no siempre bien diferenciadas. La diversidad de jerarquías ocasionó frecuentes y serios conflictos de competencia, agravados por el retraso en la resolución cuando ésta dependía de la metrópoli. Sin embargo, más frecuente y típica de la administración colonial fue la tendencia a acumular diversos tipos de funciones en un único cargo.
La unidad administrativa y política más importante en América fue el virreinato, aunque en los primeros años los esfuerzos de la Corona se centraron precisamente en anular una institución vinculada, según las capitulaciones de Santa Fe, a Cristóbal Colón, que fue el primer virrey de las Indias (1493-1500); en 1509 se reconoce ese título a su hijo Diego, que en calidad de tal gobierna en Santo Domingo hasta 1524, cuando se le ordena regresar a España finalizando así la era de Colón en América. El título hereditario de virrey se convirtió en algo meramente honorífico y en 1536 el nieto del descubridor, Luis Colón, renuncia definitivamente a ese título a cambio de ciertas compensaciones económicas.
Casi al mismo tiempo, en 1535, la Corona resucita esa institución de un modo efectivo al nombrar a Antonio de Mendoza virrey de Nueva España. Las Leyes Nuevas consagraron el sistema y crean también el virreinato del Perú, cuyo primer titular fue Blasco Núñez Vela, nombrado en 1543. La jurisdicción del virreinato de Nueva España, con capital en México, incluía todos los territorios al norte de Panamá, incluidas las islas caribeñas y Venezuela, mientras el virreinato del Perú regía, desde Lima, todas las demás posesiones españolas en Suramérica. En el siglo XVIII se crearán dos nuevos virreinatos segregados del peruano: el de Nueva Granada, establecido en 1717 y definitivamente en 1739, con capital en Santa Fe de Bogotá y jurisdicción sobre los territorios que hoy forman Venezuela, Colombia, Panamá y Ecuador, y el del Río de la Plata, creado en 1776 con sede en Buenos Aires, que comprendía los actuales Bolivia, Paraguay, Argentina, Uruguay y la provincia Cuyo (Chile). Sin embargo, en muchos casos la jurisdicción virreinal era más teórica que real, y algunas circunscripciones gozaron de gran autonomía.
Como representantes directos del rey en Indias, los virreyes ocupaban siempre la presidencia de las distintas burocracias en sus territorios: gobernadores, capitanes generales, jueces supremos honorarios. Gozaron de gran prestigio e influencia, y se rodearon de cortes con todo el boato y ceremonial al uso, con un palacio y guardia militar. Casi todos fueron peninsulares y miembros de la nobleza castellana, aunque en el siglo XVIII abundarán los militares y hasta eclesiásticos (que normalmente ocupaban el cargo de forma interina, pero a veces también en propiedad). Al principio se les nombró por tiempo indefinido pero una vez consolidado el sistema se limitó su período de gobierno a seis años, que podía ser prorrogado.
La siguiente circunscripción desde el punto de vista administrativo fue la gobernación, equivalente a una provincia. Normalmente subordinadas al virrey, algunas gobernaciones fueron autónomas en la práctica por tener contacto directo con España más fácilmente que con la capital virreinal (los especialistas del derecho indiano proponen denominarlas como provincias mayores o presidencias-gobernaciones, siendo el resto provincias menores). En total hubo hasta 34 gobernaciones, que fueron surgiendo a medida que avanzaba la conquista, convirtiéndose los conquistadores en los primeros gobernadores (al principio con título de adelantados, de reminiscencias medievales). Sus funciones eran administrativas, judiciales y militares. Las gobernaciones más importantes fueron consideradas capitanías generales, con poderes militares autónomos; fue el caso de Santo Domingo, Guatemala, Panamá, Chile, y Venezuela, así como Santa Fe de Bogotá y Buenos Aires antes de erigirse en sedes virreinales.
Los corregimientos, que en Nueva España también se llamaban alcaldías mayores, fueron divisiones administrativas menores, muy similares en función y características a las gobernaciones pero en distritos más pequeños, que muchas veces se reducían a una ciudad y su hinterland. Las zonas rurales con población indígena eran gobernadas por los corregidores de indios, que a las atribuciones políticas y judiciales sumaban las fiscales, al controlar la recaudación de tributos indígenas.
Los corregidores solían presidir los cabildos o ayuntamientos, que fueron la organización política de las ciudades y, como tales, constituyeron la unidad administrativa inferior o básica de todo el sistema, dada la importancia de las ciudades como lugar de residencia de la población blanca. Al igual que en España, los cabildos indianos estaban integrados por dos alcaldes ordinarios (que eran jueces de primera instancia y presidían el cabildo en ausencia del corregidor) y varios regidores (generalmente seis, pero en las ciudades importantes podían ser más), así como cierto número de otros funcionarios como alguacil mayor y alcalde de hermandad (jefes de policía urbana y rural, respectivamente), escribano (secretario), alférez real, etc. Teóricamente los cargos eran electos y anuales, debiendo efectuarse el 1 de enero de cada año, pero muy pronto tanto las elecciones como los propios cargos fueron monopolizados por las oligarquías locales, proceso que se afianzó por la venta de oficios generalizada desde fines del siglo XVI. Los cabildos indianos fueron corporaciones cerradas, representativas sólo de los intereses de la elite.
La estructura de gobierno se entrelazaba con la de justicia, en aplicación del principio vigente en la España de la época de que gobernar es imponer la justicia, de ahí que todos los funcionarios mencionados (virreyes, gobernadores, corregidores, alcaldes) tuvieran atribuciones judiciales. Del mismo modo las audiencias, a las que específicamente correspondía la administración de justicia al más alto nivel, en calidad de tribunales de apelación en sus distritos, tuvieron también funciones gubernativas, ya sea de asesoramiento o de gobierno, faceta que constituye su principal diferencia con respecto a las metropolitanas. En ocasiones la Corona encomendaba específicamente el gobierno a las Audiencias (por ejemplo, la de Santo Domingo en 1524, la de Mexico en 1528), que además solían asumir esa función en casos de vacante, mientras llegaba el nuevo virrey o gobernador.
Existieron tres tipos de audiencias que diferían entre sí en importancia: virreinales (presididas por un virrey), pretoriales (cuyo presidente era un gobernador y capitán general, y gozaban de amplia autonomía) y subordinadas (cuyo presidente era un letrado, y dependían administrativamente del virrey). En total llegaron a crearse 13 audiencias en la América española (más una en Filipinas), cuyos límites jurisdiccionales marcaron en buena medida los de los diferentes países tras la independencia. Según su clase, fueron éstas:
- Audiencias virreinales: México, 1527; Lima, 1543; Santa Fe, 1739; Buenos Aires, 1776.
- Audiencias pretoriales: Santo Domingo, 1511; Panamá, 1538, suprimida; restablecida en 1564; Guatemala, 1543; Santa Fe de Bogotá, 1548 (pasa a virreinal en 1776).
- Audiencias subordinadas: Guadalajara, 1548; La Plata de los Charcas, 1559; Quito, 1563; Caracas, 1786; Cuzco, 1787.
Organizadas como cuerpos colegiados, se componían de presidente, oidores (juristas profesionales, cuyo número varió entre 4 y 8), fiscal, alcaldes del crimen (para la justicia penal). En total, unos cien cargos en el conjunto de las audiencias americanas. Dado que no existía un límite fijado para su permanencia en el cargo y que en general todos ellos solían permanecer durante más tiempo que los virreyes, los miembros de las audiencias representaron la continuidad administrativa y judicial; así como la más genuina elite burocrática indiana.
En cuanto a la administración fiscal, se organizó con una burocracia específica, que fue además la primera en aparecer en las Indias, pues en cada expedición descubridora y conquistadora participaba algún representante de la Corona (oficiales de entrada) para proteger sus intereses y, en especial, vigilar la correcta asignación del quinto real. Después, en cada capital de virreinato y de provincia se establecieron sendas oficinas de Hacienda, denominadas Cajas Reales, con tres funcionarios principales (contador, tesorero y factor) conocidos con el nombre genérico de oficiales reales.
Por último, la burocracia militar fue muy reducida, al margen de los títulos y atribuciones militares unidos a los cargos de gobierno, que además con frecuencia eran ocupados por militares profesionales, sobre todo en las zonas estratégicas (por ejemplo, la gobernación de Cuba). Pero hasta finales del siglo XVIII las únicas tropas regulares existentes en las Indias eran las guardias de los virreyes y las guarniciones de soldados establecidas en puertos y lugares estratégicos para defender las fortificaciones construidas en ellos, especialmente en el Caribe (La Habana, Santiago de Cuba, San Juan de Puerto Rico, Cartagena de Indias y otros sitios). Además existieron los llamados presidios, puestos militares con pequeños destacamentos que protegían las zonas de frontera de posibles ataques de indios no sometidos: en Chile, frente a los araucanos, en el Río de la Plata frente a los indios de la Pampa, y en el norte de Nueva España frente a los "indios bravos" (apaches, comanches y otros pueblos). En estas regiones la defensa se completaba con tropas organizadas y dirigidas por los hacendados locales.
La organización administrativa se completaba con un sistema de control de los funcionarios a través de los juicios de residencia y las visitas. Al término de su mandato todos los funcionarios eran sometidos a juicio, en el que cualquier persona tenía derecho a declarar, verificándose luego las acusaciones. Aunque el sistema generó sus propias corrupciones (mediante acuerdos entre el residenciador y el residenciado), en no pocas ocasiones supuso severos castigos para funcionarios venales. En cuanto a la visita, era un procedimiento extraordinario consistente en la inspección de un distrito, institución o autoridad, por parte de un enviado especial de la Corona. Motivada frecuentemente por alguna denuncia, el visitador suspendía temporalmente al funcionario, que según resultara la investigación podía ser repuesto en el cargo o destituido definitivamente y, en su caso, multado o castigado. Otras veces las visitas pretendían recoger información como paso previo a alguna medida proyectada.